指揮中心自本(110)年9月22日起，為年滿12歲至未滿18歲青少年進行COVID-19疫苗接種服務，考量疫苗接種後可能產生不良反應，如發生罕見的心肌炎或心包膜炎等，為確保是類對象接種疫苗之安全，建立疫苗接種疑似不良事件後送醫院，以供民眾及時獲得適切之醫療照護及就醫資訊。
有關「青少年COVID-19疫苗接種後發生疑似不良事件後送責任醫院」急診就醫諮詢窗口、「COVID-19疫苗學生校園接種問答輯」及「mRNA疫苗接種後心肌炎/心包膜炎指引」，業公布於衛生福利部疾病管制署全球資訊網(http://www.cdc.gov.tw)/COVID-19防疫專區/ COVID-19疫苗/COVID-19疫苗校園接種作業項下。
